記載された情報が古くなっている可能性がございますので十分ご注意ください。
気付いてない方の助けになれば。
Google XML Sitemaps のバージョンアップ(4系 2014/03/30~)で sitemap ファイルの出力方式が変更されました。
そのため、設定画面で出力方式を変更してあげないと、古いsitemap.xmlが読まれ続けてしまう状態になります。
切替方法は下記のリンクをクリックするだけです。
※元々 Google XML Sitemaps で sitemap.xml を作り出していた人はパーミッションは問題無いはず。
クリックすると「sitemap.backup.xml」のようにリネームされて新方式になります。
(勝手に切り替えてくれよ・・・と思われる方もいるでしょうが sitemap.xml を自分のプラグインだけが扱うわけでは無いので勝手に消される方が迷惑がかかる可能性が高いんです)
※環境によって、ウェブマスターツールの登録URLを変更しなければいけない事があるので、必ずウェブマスターツールで読み込めているかを確認してください。
部分的に日本語化されていても、肝心なメッセージが日本語化されていませんので、いくら赤字でも見過ごす方も多いかもしれません。
こういう内容は、WordPressの更新アナウンスのように全画面で常に表示してくれてるとありがたいですね。
追記:
旧バージョンからインデックスの再構築の機能が無くなったり(動的に作るようになったので不要になったのはわかりますが)して混乱されている方が多いようです。
また、表示されるxmlファイルのパスが「The URL to your sitemap index file is: http://*****/sitemap.xml」となっている方は「http://*****/index.php?xml_sitemap=params=」のURLに変更してあげると、必ず新フォーマットの形式でサイトマップを出力してくれます。
挙動がおかしい方はこちらを試してみてください。