2通りあります。

プロファイラを有効にする方法

画面の最後にまとめて出力されます。
[php]
$this->output->enable_profiler(TRUE);
[/php]

Active Record クラスを利用時

自分の好きなところに出力できます。
[php]
echo $this->db->_compile_select();
[/php]

用途に応じてつかいわけるべ！！